Az 1814-ben, köznemesi családba született Balassa János karrierje többször is látszólag áttörhetetlen falakba ütközött. Az orvosi tanulmányait Pesten kezdő, majd Bécsben, a legjobb professzorok keze alatt folytató ifjú orvos és sebész 1838-ban szerzett diplomát, majd a császárvárosban helyezkedett el.
A világhírűnek számító bécsi sebészeti klinikán hamar helyettes főorvosi és tanársegédi kinevezést kapott, sőt „Az Osztrák Császárság Dísze” címmel emlegették. Mégsem Ausztriában akart fényes pályát befutni, hanem 1843-ban jelentkezett a pesti egyetem megüresedett tanszékvezetői állására. Evangélikus vallása miatt ezt nem kaphatta volna meg, ám amikor Lónyay János kancellár testvérén egy bravúros műtétet hajtott végre, az uralkodó mégis aláírta kinevezését 1843 márciusában.